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Nov 12, 2013
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Rsession让Java调用R更简单

R的极客理想系列文章，涵盖了R的思想，使用，工具，创新等的一系列要点，以我个人的学习和体验去诠释R的强大。

R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域，教育，银行，电商，互联网….都在使用R语言。

要成为有理想的极客，我们不能停留在语法上，要掌握牢固的数学，概率，统计知识，同时还要有创新精神，把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧，开始R的极客理想。

关于作者：

  • 张丹(Conan), 程序员Java,R,PHP,Javascript
  • weibo：@Conan_Z
  • blog: http://blog.fens.me
  • email: bsspirit@gmail.com

转载请注明出处：
http://blog.fens.me/r-rserve-rsession/

rsession

前言

写了好几篇关于Rserve的文章了，Rserve作为R语言的通信接口，已经成为了R语言扩展的重要通道。大数据时代的到来，让原本小众的R语言，不经意间挤进了开发语言前20名。

同时，具有多种编程语言背景的IT工程师们，开始进入R的社区，帮助R语言快速进化。Rserve提供了一个通信的接口，通过封装可以让R引擎嵌入到其他语言里。

目录

  1. Rsession介绍
  2. Rsession下载
  3. 用Eclipse构建Rsession项目
  4. Rsession的API介绍
  5. Rserve服务器系统环境
  6. Rsession使用

1. Rsession介绍

Rsession提供了一种简单的方式，让Java可以访问远程或本地的Rserve实例。Rsession是对Rserve的封装，提供了更高层的API接口，包括Rserve服务器控制，多会话机制，并支持Windows环境。

另一个R和Java通信的库JRI，并不支持多会话机制。关于R和Java通信的其他文章，请参考：解惑rJava R与Java的高速通道, Rserve与Java的跨平台通信

Rsession项目主页：https://code.google.com/p/rsession/

2. Rsession下载

系统环境

  • Win7 64bit
  • R: 3.0.1 x86_64-w64-mingw32/x64 b4bit

发行包下载：解压缩就可以直接使用了

http://rsession.googlecode.com/files/libRsession.zip

包括3个jar包：REngine.jar, Rserve.jar, Rsession.jar

源代码下载：(SVN)

http://rsession.googlecode.com/svn/trunk/Rsession/


~ cd d:\workspace\java
~ svn checkout http://rsession.googlecode.com/svn/trunk/ rsession-read-only
~ mv rsession-read-only rsession
~ cd rsession\Rsession

项目是通过Ant构建的，我们可以自己编译，打包。


~ ant
Buildfile: d:\workspace\java\rsession\Rsession\build.xml

clean:

clean-dist:

init:
    [mkdir] Created dir: d:\workspace\java\rsession\Rsession\build
    [mkdir] Created dir: d:\workspace\java\rsession\Rsession\dist\lib

resource:
     [copy] Copying 28 files to d:\workspace\java\rsession\Rsession\dist\lib
     [copy] Copied 12 empty directories to 1 empty directory under d:\workspace\java\rsession\Rsession\dist\lib

compile:
    [javac] d:\workspace\java\rsession\Rsession\build.xml:33: warning: 'includeantruntime' was not set, defaulting to bu
ild.sysclasspath=last; set to false for repeatable builds
    [javac] Compiling 10 source files to d:\workspace\java\rsession\Rsession\build

dist:
      [jar] Building jar: d:\workspace\java\rsession\Rsession\dist\lib\Rsession.jar
      [zip] Building zip: d:\workspace\java\rsession\Rsession\dist\libRsession.zip

BUILD SUCCESSFUL
Total time: 2 seconds

在目录：d:\workspace\java\rsession\Rsession\dist\下面，生成发行包，libRsession.zip

3. 用Eclipse构建Rsession项目

用Eclipse构建Rsession项目，复制Rsession\dist\目录文件到项目，并加载到项目的环境变量。

rsession-eclipse

4. Rsession的API介绍

查看类库：Rsession.jar

rsession-api

接口类

  • BusyListener: Notify the state of R engine
  • EvalListener: Notify the evaluation of R expression
  • Logger: Support R messages printing
  • UpdateObjectsListener: Notify the changing of R environment objects

功能类

  • Rdaemon: RServe的守护进程
  • RLogPanel: 显示R日志的空间
  • RObjectsPanel: 显示R变量的控件
  • RserverConf: 连接Rserve实例的配置文件
  • Rsession: 连接Rserve实例
  • StartRserve: 启动本地的Rserve

5. Rserve服务器系统环境

服务器系统环境

  • Linux: Ubuntu 12.04.2 LTS 64bit
  • R: 3.0.1 x86_64-pc-linux-gnu
  • Rserve: Rserve v1.7-1

Rserve环境

  • IP: 192.168.1.201，允许远程访问
  • 端口: 6311
  • 登陆认证: 用户名:conan, 密码:conan
  • 字符编码: utf-8

Rserve服务器环境与文章中 Rserve的R语言客户端RSclient 配置相同。

6. Rsession使用

建立远程连接


RserverConf rconf = new RserverConf("192.168.1.201", 6311, "conan", "conan", new Properties());
Rsession s = Rsession.newInstanceTry(System.out, rconf);

执行R脚本


double[] rand = s.eval("rnorm(5)").asDoubles();
for(double ran:rand){
    System.out.print(ran+",");
}

//日志输出
[eval] rnorm(5)
  org.rosuda.REngine.REXPDouble@5f934ad[5]{0.08779203903807914,0.039929482749452114,-0.8788534039223883,-0.8875740206608903,-0.8493446334021442}
0.08779203903807914,0.039929482749452114,-0.8788534039223883,-0.8875740206608903,-0.8493446334021442

R创建对象并保存环境


// 创建一个R对象
s.set("demo", Math.random());
s.eval("ls()");

// 保存R环境到本地到文件
s.save(new File("./output/save.Rdata"), "demo");

// 删除R对象demo
s.rm("demo");
s.eval("ls()");

// 从文件加载R环境
s.load(new File("./output/save.Rdata"));
s.eval("ls()");
s.eval("print(demo)");

//日志输出
[set] demo

创建一个data.frame对象


s.set("df", new double[][] { { 1, 2, 3 }, { 4, 5, 6 }, { 7, 8, 9 }, { 10, 11, 12 } }, "x1", "x2", "x3");
double df$x1_3 = s.eval("df$x1[3]").asDouble();
System.out.println(df$x1_3);
s.rm("df");

//日志输出
[set] df

在本地生成一个图形文件


s.toJPEG(new File("./output/plot.png"), 400, 400, "plot(rnorm(10))");

//日志输出
[set] plotfile_1100539400

plot

以HTML格式输出


String html = s.asHTML("summary(rnorm(100))");
System.out.println(html);

//日志输出
<html>     Min.   1st Qu.    Median      Mean   3rd Qu.      Max. <br/>-2.332000 -0.659900  0.036920  0.004485  0.665800  2.517000 </html>

以文本格式输出


String txt = s.asString("summary(rnorm(100))"); // format in text
System.out.println(txt);

//日志输出
    Min.  1st Qu.   Median     Mean  3rd Qu.     Max. 
-3.19700 -0.65330 -0.09893 -0.07190  0.53300  2.29000

安装新类库


System.out.println(s.installPackage("sensitivity", true));

//日志输出
  trying to load package sensitivity
  package sensitivity is not installed.
  package sensitivity not yet installed.
[eval] install.packages('sensitivity',repos='http://cran.cict.fr/',dependencies=TRUE)
  org.rosuda.REngine.REXPNull@4d47c5fc
  request package sensitivity install...
  package sensitivity is not installed.
!   package sensitivity installation failed.
Impossible to install package sensitivity !

查看完整的文件：RsessionDemo.java


~ vi RsessionDemo.java

package org.conan.r.rsession;

import java.io.File;
import java.util.Properties;

import org.math.R.RserverConf;
import org.math.R.Rsession;
import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;

public class RsessionDemo {

    public static void main(String args[]) throws REXPMismatchException {
        RserverConf rconf = new RserverConf("192.168.1.201", 6311, "conan", "conan", new Properties());
        Rsession s = Rsession.newInstanceTry(System.out, rconf);

        // 执行R脚本
        double[] rand = s.eval("rnorm(5)").asDoubles();
        System.out.println(rand);

        // 创建一个R对象
        s.set("demo", Math.random());
        s.eval("ls()");

        // 保存R运行时状态到文件
        s.save(new File("./output/save.Rdata"), "demo");

        // 删除R对象demo
        s.rm("demo");
        s.eval("ls()");

        // 从文件加载R环境
        s.load(new File("./output/save.Rdata"));
        s.eval("ls()");
        s.eval("print(demo)");

        // 创建一个data.frame对象
        s.set("df", new double[][] { { 1, 2, 3 }, { 4, 5, 6 }, { 7, 8, 9 }, { 10, 11, 12 } }, "x1", "x2", "x3");
        double df$x1_3 = s.eval("df$x1[3]").asDouble();
        System.out.println(df$x1_3);
        s.rm("df");

        // 生成一个图形文件
        s.eval("getwd()");
        s.toJPEG(new File("./output/plot.png"), 400, 400, "plot(rnorm(10))");

        // 以HTML格式输出
        String html = s.asHTML("summary(rnorm(100))"); 
        System.out.println(html);

        // 以文本格式输出
        String txt = s.asString("summary(rnorm(100))");
        System.out.println(txt);

        // 安装新类库
        System.out.println(s.installPackage("sensitivity", true));

        s.end();
    }
}

对比Rserve的JavaAPI(参考文章：Rserve与Java的跨平台通信)，是不是感觉Rsession再友好呢！

我们在使用RStudio时，任务管理器中也可以看到rsession的进程！猜一下，RStudio也在使用rsession做程序接口。

rsession-process

动起手来，创造就在自己手中。

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http://blog.fens.me/r-rserve-rsession/

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frank85chen

请教个问题：我在远端服务器上部署的Rserve，通过java去连R。当连接成功时会在远端Rserve的工作目录下创建conn1234这样的临时文件夹，但是在java中断开连接（RConnection.shutdown, RConnection.close, Rsession.end都试过）后这些文件夹并没有被自动删掉。你碰到过类似的情况吗？

0
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Conan Zhang

是不会自动删除的。

0
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xuhui

你开培训课吗，好想好好跟你学学

0
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Conan Zhang

我录过一些培训课程，正在整理和发布，可以听视频学习，请关注博客消息。

0
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xuhui

谢谢分享

0
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ade

你好，关于java的类有api么

0
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Conan Zhang

文档要去源代码里看注释了，这些中文解释都是我自己总结的。

0
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ade

好吧，只是都是英文 怕自己翻译的有点不准确

0
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dd

Rsession.jar这个包去哪下载啊，根本下载不下来

0
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Conan Zhang

需要翻墙！

0
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CHEN

Rsession可以让web工程的客户端跟服务端维持一个长连接吗，用RSclient时间长了连接就中断了。RServe有哪些可以进行性能优化的参数配置呢

0
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Conan Zhang

要查RServe的参数文档了。

0
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CHEN

多个RSclient连接Rserve，可以设置一个全局变量供所有的客户端访问吗

0
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Conan Zhang

不同的客户端是不能通信的，如果你需要通信，写到数据库或单独的一个文件中。

0
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tom

张老师，使用Rsession怎么关闭后台的日志打印啊，好像不是用log4j配置的日志级别。

0
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Conan Zhang

Rsession s = Rsession.newInstanceTry(System.out, rconf);
这里把System.out，关了就行了。

0
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appleren

张老师，我发现一个问题，算不算RSession的一个bug呢？用eval执行source(xxx.R)，如果R文件里全部都是function定义，我是想先把function都定义上，然后下一句再eval(“func1()”)这样。如果R文件里全都是function定义却没有返回值，会返回的e长度为2，但第一个item为null。rsession的eval方法调用

if (e != null) {

log(__ + e.toDebugString(), Level.INFO);

}

写log的时候，就会出错了。随便在R文件里加一句print()就可以绕过去这个问题。不过这种做法比较让人郁闷。还有别的好办法吗？似乎只能直接用RServe了吗？

public String toDebugString() {

StringBuffer sb = new StringBuffer(super.toDebugString()+”{“);

int i = 0;

while (i < payload.size() && i 0) sb.append(“,n”);

sb.append(payload.at(i).toDebugString());

i++;

}

if (i < payload.size()) sb.append(",..");

return sb.toString()+"}";

}

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Conan Zhang

我好像没有遇到这个问题。

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appleren

调研了一下，好像是REngine的问题。我用的1.8.2，带了一个REngine。

com.github.yannrichet
Rsession
1.8.2

java里面用Rsession连上RServe，然后s.eval(source(“xxx.R”))
xxx.R里面只有函数定义，没有函数调用，像这样：
readData<-function(conn, selectStmt) {
d0<-dbGetQuery(conn, selectStmt)
d0
}
然后就会返回个REXPGenericVector，data的list长度为2，第一个元素是null，然后它非得toDebugString，就空指针了。。。。
看起来必须要改变一下java和R的联合使用方式。
我原想通用点，先source一下把函数都定义上，然后eval.(“mainFunc(”+dataFilePath+")")搞定，这样我的java程序就万用了~~~~~
张老师有没有关于尽量复用一段java调用类似用途却不同算法的一堆R脚本，处理不同的数据集的建议呢？
一般来说，是直接用java读数据传递给R好，还是让R自己处理csv文件好呢？

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Conan Zhang

不好意思，回复晚了。
语言间通信，尽量只传信号，不要传数据；可以把数据放在CSV或数据库中。

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appleren

似乎貌似好像可以用voidEval。。。。可真够二的喔

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appleren

阅读了RSession源代码，好像有坑。例如，当启用了LINK_FILE(默认启用)，又正好expression执行出错的时候，会造成sink没有关闭，R默认为20个sink，多跑几次就sink stack is full了。后面执行啥都报错。想要把RSession用在工程上，考虑健壮性，还得重写一些方法才行。用的挺别扭。

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Conan Zhang

高手！改一下，分享出来吧。

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