多人在线协作R开发RStudio Server

R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大。

R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域,教育,银行,电商,互联网….都在使用R语言。

要成为有理想的极客,我们不能停留在语法上,要掌握牢固的数学,概率,统计知识,同时还要有创新精神,把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧,开始R的极客理想。

关于作者:

  • 张丹(Conan), 程序员Java,R,PHP,Javascript
  • weibo:@Conan_Z
  • blog: http://blog.fens.me
  • email: bsspirit@gmail.com

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rstudio-title

前言

RStudio是R语言开发中的利器,是一个IDE集成环境。RStudio Server版本提供了web的功能,可以安装远程计算机,通过web进行访问,支持多用户。如此神器,快来动手试一下吧。

目录

  • 系统环境
  • RStudio Server安装
  • RStudio Server使用
  • RStudio Server多人协作

1. 系统环境

操作系统: Linux Ubuntu 64bit 12.04.2 LTS
R语言: 3.0.1

~ uname -a
Linux conan-deskop 3.5.0-23-generic #35~precise1-Ubuntu SMP Fri Jan 25 17:13:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

~ cat /etc/issue
Ubuntu 12.04.2 LTS \n \l

RStudio Server官方介绍:http://www.rstudio.com/ide/download/server

安装R语言


~ sudo apt-get install r-base

#R版本 3.0.1
~ R --version
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

2. RStudio Server安装

下载并安装


~ sudo apt-get install gdebi-core
~ sudo apt-get install libapparmor1  # Required only for Ubuntu, not Debian
~ wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.97.551-amd64.deb
~ sudo gdebi rstudio-server-0.97.551-amd64.deb

查看rstudio-server


~ ps -aux|grep rstudio-server
998       2914  0.0  0.1 192884  2568 ?        Ssl  10:40   0:00 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

rstudio-server的服务已启动, 8787端口被打开。

3. RStudio Server使用

通过浏览器,我们访问RStudio Server: http://192.168.1.13:8787

rstudio-login

通过Linux系统用户登陆: conan:conan111

rstudio-web

太帅了是不是,web版的RStudio!!

系统配置和系统管理

其他操作和单机版的RStudio一样。

4. RStudio Server多人协作

1). 增加新用户


~ sudo groupadd hadoop 
~ sudo useradd hadoop -g hadoop;
~ sudo passwd hadoop 
~ sudo adduser hadoop sudo
~ sudo mkdir /home/hadoop 
~ sudo chown -R hadoop:hadoop /home/hadoop

#测试账号设置成功
~ ssh hadoop@localhost
~ bash
~ pwd
/home/hadoop

新打开浏览器窗口通过 hadoop账号登陆
rstudio-web2

2). Git代码共享
安装git

sudo apt-get install git

#生成rsa密钥对
ssh-keygen -t rsa

#查看公钥并
cat /home/conan/.ssh/id_rsa.pub
ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDMmnFyZe2RHpXaGmENdH9kSyDyVzRas4GtRwMNx+qQ4QsB8xVTrIbFayG2ilt+P8UUkVYO0qtUJIaLRjGy/SvQzzL7JKX12+VyYoKTfKvZZnANJ414d6oZpbDwsC0Z7JARcWsFyTW1KxOMyesmzNNdB+F3bYN9sYNiTkOeVNVYmEQ8aXywn4kcljBhVpT8PbuHl5eadSLt5zpN6bcX7tlquuTlRpLi1e4K+8jQo67H54FuDyrPLUYtVaiTNT/xWN6IU+DQ9CbfykJ0hrfDU1d1LiLQ4K2Fdg+vcKtB7Wxez2wKjsxb4Cb8TLSbXdIKEwSOFooINw25g/Aamv/nVvW1 conan@conan-deskop

把公钥并上传到github
创建一个新的Project: rstudio-demo
https://github.com/bsspirit/rstudio-demo

绑定本定项目和rstudio-demo


~ cd /home/conan/R/github
~ git init
~ git add .
~ git commit -m 'first comment'
~ git remote add origin git@github.com:bsspirit/rstudio-demo.git
~ git push -u origin master

打开RStudio设置到/home/conan/R/github目录,tools–>version control –> project setup
rstudio-git

在RStudio中修改sayHello.r的代码


sayHello<-function(name){
  print(paste("hello",name))
}

sayHello("Conan")
sayHello("World")

提交:点击tools–>version control–> commit
rstudio-git2

上传到github:点击tools–>version control–> push
rstudio-git3

RStudio有如此强大的功能,极大的降低了编程的门槛。还没有用过的同学,赶紧去体验一把吧。极客的感觉!

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Weilin

这个server版本的确非常好用,我从一开始接触就喜欢上这东西了。

Conan Zhang

嗯,确实是好用!!我老是搞命令调试,真是会疯掉的。

csyang

张老师,我在vm上装的centos6.5,网络选的是桥接,上网方式是路由器无线上网,rstudio-server 已经装好了,但只能在vm上的浏览器上打开rstudio-server,其它机器不能访问,是怎么回事呀,
[root@localhost hadoop]# rstudio-server verify-installation

rstudio-server stop/waiting

rstudio-server start/running, process 4489

Conan Zhang

1. 看看是不是网络不通
2. 防火墙有没有阻止
3. 用IP访问

tanxinz

你好,我也遇到这问题,本地的SecureCRT可以远程连接

Conan Zhang

https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552316-Configuring-the-Server

By default RStudio binds to address 0.0.0.0 (accepting connections from any remote IP). You can modify this behavior using the www-address entry. For example:
www-address=127.0.0.1

默认是支持远程访问的,除非你自己改配置了。

[…] RStudio Server的安装及配置,请参考:多人在线协作R开发RStudio Server […]

lyming

张老师您好,我安装的Rstudio不能使用绘图函数是什么回事呢?我的R版本是3.1 Rstudio是最新办的,其他命令能正常操作,只有在绘图的时候会报错
> plot(x,y)
08 Aug 2014 01:58:46 [rsession-lyming] ERROR r error 4 (R code execution error) [errormsg=Error in .External2(C_X11, paste(“png::”, filename, sep = “”), g$width, :
unable to start device PNG
]; OCCURRED AT: core::Error r::exec::evaluateString(const std::string&, SEXPREC**, r::sexp::Protect*) /root/rstudio-pro/src/cpp/r/RExec.cpp:266; LOGGED FROM: DevDesc* r::session::graphics::handler::shadow::::shadowDevDesc(DevDesc*) /root/rstudio-pro/src/cpp/r/session/graphics/RShadowPngGraphicsHandler.cpp:141
Error in RStudioGD() :
Shadow graphics device error: r error 4 (R code execution error)
In addition: Warning message:
In grDevices:::png(“/tmp/Rtmp2nkccW/43c24af2728e4734a059aa5fd526be55.png”, :
no png support in this version of R
请问这是什么原因呢

Conan Zhang

你R软件不支持png格式的图片,用capabilities()函数打印一下,你的环境支持的图片格式。

> capabilities()
jpeg png tiff tcltk X11 aqua http/ftp sockets libxml fifo cledit
TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE

iconv NLS profmem cairo
TRUE TRUE TRUE TRUE

一般重装就能解决问题。

Bai Xia

张老师,
我安装过 rjava 后capabilities() 显示
jpeg png tiff
false false false
这是怎么回事您知道吗?
我用 conda的 package manager装的

Conan Zhang

说明你的操作系统内核,本身不支持这几种格式。

Bai Xia

已经解决了,因为conda 安装的 r-base 3.3.1.0 不支持 换了r-base 3.3.1.1 之后就好了,也兼容rjava。 整个过程重新安装r-base, rjava, 因为用 jupyter 还重新装了 什么 kernel忘了。。不过还是多谢老师回复

Conan Zhang

:-),找到问题就能解决了。

japrin

这个多人协作是不是不一定要RStudio Server版?Desktop就可以了?

Conan Zhang

Desktop只是单用户的。

xd_zhang

你好,我安装完成之后,在浏览器登陆输入帐号密码提交后,提示“unable to connect to service”,请问是什么原因呢?另外请问日志怎么看到?

Conan Zhang

1. 看起来像是服务没有启动
2. 日志应该是在配置文件中定义的,/etc/rstudio/rserver.conf

地地道道

遇到同样问题,还是没解决,服务已经启动,bug太多了

Conan Zhang

查官方文档解决吧,起码我没有遇到太多的问题。

ssdutsu

您好,请问我安装了Rstudo server在linux上,我想更新R的版本,但是Rstudio的server版无法选择不同的R版本 怎么破好

Conan Zhang

把原来的R删除,安装新的R就行了。Rstudo server会自动识别出来新的。
http://blog.fens.me/r-install-ubuntu/

walle

老师 我远程登录的时候显示 unable to connect to service . 登录 unbuntu 查看 rstudio-server verify-installation 一切正常:

rstudio-server verify-installation

rstudio-server stop/waiting

rstudio-server start/running, process 28470

然后 选择rstudio-server active-sessions

rstudio-server active-sessions

PID TIME COMMAND

什么session都没有 rstudio 重启 还是打不开新的rsession 也不报错 这个怎么解决啊 已经关闭 apparmor了

Conan Zhang

是不是用了root用户,换个普通用户试试

Ryo Eng
arthur

您好,rstudio-serve自带的import dataset一用就假死。。。。这是怎么回事您知道吗?

Conan Zhang

可能是内存不足,或者文件没有权限

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