多人在线协作R开发RStudio Server

R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大。

R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域,教育,银行,电商,互联网….都在使用R语言。

要成为有理想的极客,我们不能停留在语法上,要掌握牢固的数学,概率,统计知识,同时还要有创新精神,把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧,开始R的极客理想。

关于作者:

  • 张丹(Conan), 程序员Java,R,PHP,Javascript
  • weibo:@Conan_Z
  • blog: http://blog.fens.me
  • email: bsspirit@gmail.com

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rstudio-title

前言

RStudio是R语言开发中的利器,是一个IDE集成环境。RStudio Server版本提供了web的功能,可以安装远程计算机,通过web进行访问,支持多用户。如此神器,快来动手试一下吧。

目录

  • 系统环境
  • RStudio Server安装
  • RStudio Server使用
  • RStudio Server多人协作

1. 系统环境

操作系统: Linux Ubuntu 64bit 12.04.2 LTS
R语言: 3.0.1

~ uname -a
Linux conan-deskop 3.5.0-23-generic #35~precise1-Ubuntu SMP Fri Jan 25 17:13:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

~ cat /etc/issue
Ubuntu 12.04.2 LTS \n \l

RStudio Server官方介绍:http://www.rstudio.com/ide/download/server

安装R语言


~ sudo apt-get install r-base

#R版本 3.0.1
~ R --version
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

2. RStudio Server安装

下载并安装


~ sudo apt-get install gdebi-core
~ sudo apt-get install libapparmor1  # Required only for Ubuntu, not Debian
~ wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.97.551-amd64.deb
~ sudo gdebi rstudio-server-0.97.551-amd64.deb

查看rstudio-server


~ ps -aux|grep rstudio-server
998       2914  0.0  0.1 192884  2568 ?        Ssl  10:40   0:00 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

rstudio-server的服务已启动, 8787端口被打开。

3. RStudio Server使用

通过浏览器,我们访问RStudio Server: http://192.168.1.13:8787

rstudio-login

通过Linux系统用户登陆: conan:conan111

rstudio-web

太帅了是不是,web版的RStudio!!

系统配置和系统管理

其他操作和单机版的RStudio一样。

4. RStudio Server多人协作

1). 增加新用户


~ sudo groupadd hadoop 
~ sudo useradd hadoop -g hadoop;
~ sudo passwd hadoop 
~ sudo adduser hadoop sudo
~ sudo mkdir /home/hadoop 
~ sudo chown -R hadoop:hadoop /home/hadoop

#测试账号设置成功
~ ssh hadoop@localhost
~ bash
~ pwd
/home/hadoop

新打开浏览器窗口通过 hadoop账号登陆
rstudio-web2

2). Git代码共享
安装git

sudo apt-get install git

#生成rsa密钥对
ssh-keygen -t rsa

#查看公钥并
cat /home/conan/.ssh/id_rsa.pub
ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDMmnFyZe2RHpXaGmENdH9kSyDyVzRas4GtRwMNx+qQ4QsB8xVTrIbFayG2ilt+P8UUkVYO0qtUJIaLRjGy/SvQzzL7JKX12+VyYoKTfKvZZnANJ414d6oZpbDwsC0Z7JARcWsFyTW1KxOMyesmzNNdB+F3bYN9sYNiTkOeVNVYmEQ8aXywn4kcljBhVpT8PbuHl5eadSLt5zpN6bcX7tlquuTlRpLi1e4K+8jQo67H54FuDyrPLUYtVaiTNT/xWN6IU+DQ9CbfykJ0hrfDU1d1LiLQ4K2Fdg+vcKtB7Wxez2wKjsxb4Cb8TLSbXdIKEwSOFooINw25g/Aamv/nVvW1 conan@conan-deskop

把公钥并上传到github
创建一个新的Project: rstudio-demo
https://github.com/bsspirit/rstudio-demo

绑定本定项目和rstudio-demo


~ cd /home/conan/R/github
~ git init
~ git add .
~ git commit -m 'first comment'
~ git remote add origin git@github.com:bsspirit/rstudio-demo.git
~ git push -u origin master

打开RStudio设置到/home/conan/R/github目录,tools–>version control –> project setup
rstudio-git

在RStudio中修改sayHello.r的代码


sayHello<-function(name){
  print(paste("hello",name))
}

sayHello("Conan")
sayHello("World")

提交:点击tools–>version control–> commit
rstudio-git2

上传到github:点击tools–>version control–> push
rstudio-git3

RStudio有如此强大的功能,极大的降低了编程的门槛。还没有用过的同学,赶紧去体验一把吧。极客的感觉!

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打赏作者

This entry was posted in R语言实践

  • Weilin

    这个server版本的确非常好用,我从一开始接触就喜欢上这东西了。

    • 嗯,确实是好用!!我老是搞命令调试,真是会疯掉的。

      • csyang

        张老师,我在vm上装的centos6.5,网络选的是桥接,上网方式是路由器无线上网,rstudio-server 已经装好了,但只能在vm上的浏览器上打开rstudio-server,其它机器不能访问,是怎么回事呀,
        [root@localhost hadoop]# rstudio-server verify-installation

        rstudio-server stop/waiting

        rstudio-server start/running, process 4489

        • 1. 看看是不是网络不通
          2. 防火墙有没有阻止
          3. 用IP访问

  • Pingback: 开发自己的R包sayHello | 粉丝日志()

  • lyming

    张老师您好,我安装的Rstudio不能使用绘图函数是什么回事呢?我的R版本是3.1 Rstudio是最新办的,其他命令能正常操作,只有在绘图的时候会报错
    > plot(x,y)
    08 Aug 2014 01:58:46 [rsession-lyming] ERROR r error 4 (R code execution error) [errormsg=Error in .External2(C_X11, paste(“png::”, filename, sep = “”), g$width, :
    unable to start device PNG
    ]; OCCURRED AT: core::Error r::exec::evaluateString(const std::string&, SEXPREC**, r::sexp::Protect*) /root/rstudio-pro/src/cpp/r/RExec.cpp:266; LOGGED FROM: DevDesc* r::session::graphics::handler::shadow::::shadowDevDesc(DevDesc*) /root/rstudio-pro/src/cpp/r/session/graphics/RShadowPngGraphicsHandler.cpp:141
    Error in RStudioGD() :
    Shadow graphics device error: r error 4 (R code execution error)
    In addition: Warning message:
    In grDevices:::png(“/tmp/Rtmp2nkccW/43c24af2728e4734a059aa5fd526be55.png”, :
    no png support in this version of R
    请问这是什么原因呢

    • 你R软件不支持png格式的图片,用capabilities()函数打印一下,你的环境支持的图片格式。

      > capabilities()
      jpeg png tiff tcltk X11 aqua http/ftp sockets libxml fifo cledit
      TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE

      iconv NLS profmem cairo
      TRUE TRUE TRUE TRUE

      一般重装就能解决问题。

      • Bai Xia

        张老师,
        我安装过 rjava 后capabilities() 显示
        jpeg png tiff
        false false false
        这是怎么回事您知道吗?
        我用 conda的 package manager装的

        • 说明你的操作系统内核,本身不支持这几种格式。

          • Bai Xia

            已经解决了,因为conda 安装的 r-base 3.3.1.0 不支持 换了r-base 3.3.1.1 之后就好了,也兼容rjava。 整个过程重新安装r-base, rjava, 因为用 jupyter 还重新装了 什么 kernel忘了。。不过还是多谢老师回复

          • :-),找到问题就能解决了。

  • japrin

    这个多人协作是不是不一定要RStudio Server版?Desktop就可以了?

  • xd_zhang

    你好,我安装完成之后,在浏览器登陆输入帐号密码提交后,提示“unable to connect to service”,请问是什么原因呢?另外请问日志怎么看到?

    • 1. 看起来像是服务没有启动
      2. 日志应该是在配置文件中定义的,/etc/rstudio/rserver.conf

      • 地地道道

        遇到同样问题,还是没解决,服务已经启动,bug太多了

        • 查官方文档解决吧,起码我没有遇到太多的问题。

  • ssdutsu

    您好,请问我安装了Rstudo server在linux上,我想更新R的版本,但是Rstudio的server版无法选择不同的R版本 怎么破好

  • walle

    老师 我远程登录的时候显示 unable to connect to service . 登录 unbuntu 查看 rstudio-server verify-installation 一切正常:

    rstudio-server verify-installation

    rstudio-server stop/waiting

    rstudio-server start/running, process 28470

    然后 选择rstudio-server active-sessions

    rstudio-server active-sessions

    PID TIME COMMAND

    什么session都没有 rstudio 重启 还是打不开新的rsession 也不报错 这个怎么解决啊 已经关闭 apparmor了

    • 是不是用了root用户,换个普通用户试试